Има три метода за програмиране на CNC машинни инструменти: ръчно програмиране, автоматично програмиране и обработващ център CAD/CAM.
Ръчно програмиране: Това включва ръчно анализиране на чертежи на части, техники за обработка, извършване на числени изчисления, писане на списъци с програми и въвеждане и проверка на програмата. Подходящо е за обработка от точка-до-точка или части със сравнително проста геометрия; обаче отнема много време-и е склонен към грешки при програмиране на сложни части.
Автоматично програмиране: Това включва използването на компютър или програмираща машина за завършване на процеса на създаване на програма за детайли. Много е удобно за сложни части.
CAD/CAM: Това използва CAD/CAM софтуер за постигане на автоматично програмиране въз основа на моделиране и изображения. Най-типичният софтуер е MasterCAM, който може да програмира операции на фрезоване с помощта на координатни системи с две-оси, три-оси, четири-оси и пет-оси, както и струговане и EDM. Въпреки че този тип софтуер има ограничена функционалност, той е лесен за научаване и сравнително евтин.
